正在长州势力计划将眼中钉江藤新平除去之时，木户孝允等人在海外的考察结束，乘船从欧洲返回日本。围绕着征韩论，明治政府内部发生了不可弥合的分裂。明治六年（1874年），萨摩出身的西乡隆盛，佐贺出身的江藤新平、副岛种臣，土佐出身的板垣退助、后藤象二郎等人辞职下野。
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　　虽然从政府中枢退出，江藤新平并非就此隐居，不问世事。他与板垣退助一起在《民撰议院设立建白书》上署名，推动自由民权运动。整顿司法制度，扩张民权，实行议会政治，建设法治国家，这一切都是江藤新平心中的信仰。而且，他坚信自己梦想很快会实现。
　　久在东京的江藤新平并不知道，曾几何时，自己的家乡佐贺已经到了十分危急的时刻。士族们不但失去了赖以为生的家禄，还被剥夺了所有特权。他们已然结成了名为“忧国党”、“征韩党”“中立党”等不同的政治团体，提出不同的政治主张。“忧国党”认为现在的武士毫无地位，要求回到闭关锁国的德川时代；“征韩党”支持向朝鲜出兵；“中立党”主张按照政府的政策行事。听说了中央政府发生了大地震，佐贺的团体们也派人前去东京，游说下野的官员们担任自己团体的首领，以壮声势。

　　“忧国党”找到了佐贺出身，曾任秋田权令（县令）的岛义勇。而“征韩党”则找到了江藤新平，请他回佐贺担任指导者。江藤新平听说佐贺局势紧急，顿时忧心忡忡，他答应回乡安抚士族，以免酿成不可挽回的大祸。明治七年（1874年）1月13日，江藤新平拒绝了同乡大隈重信的再三挽留，携眷离开了东京，缓缓向故乡而行。
　　素知江藤新平才具的大久保利通始终对他抱有戒备之心。在江藤新平离开东京后，大久保利通立即任命岩村高俊为佐贺权令，命他速速带兵赶往佐贺以维持治安。
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　　2月3日，“忧国党”涌向豪商小野组店内，要求暂借活动经费。正在犹豫之中的岛义勇见佐贺情势危急，立即答应了忧国党的邀请，乘船赶往佐贺，试图平息还在萌芽阶段的骚乱。船上的岛义勇忧心佐贺局势，心急如焚。他在沉思之中，忽然看见一张熟悉面孔，此人正是赴任的新任佐贺权令岩村高俊。两人曾有一面之缘，今日在船中相遇，便攀谈起来。岩村高俊直言不讳，将要率领军队进佐贺城平乱。

　　佐贺情势不稳，但暴乱未起，只需妥善安抚，即可纾解。但政府不问情由，一味试图以武力压制。听到政府的处置措施失当，心系佐贺的岛义勇顿时心中不快。
　　岛义勇下船后迅速赶往江藤新平的居所，将所见所闻告知，这两位佐贺出身的男儿决定保卫故乡。他们计划将“忧国党”和“征韩党”合二为一，决不让政府军在佐贺肆意妄为。
　　2月15日，岩村高俊率领650名熊本镇台兵向佐贺城进军。江藤新平派使者询问岩村高俊的意图：“权令大人兴师动众而来，是要杀尽我佐贺士族吗？”
　　岩村高俊态度高慢，轻轻地哼了一声，吐出一句话：“多此一问。”
　　岩村高俊轻浮的回答促使江藤新平下了最后的决心：不能任由故乡遭人践踏，更不能眼看故乡的热血男儿任人宰割。明治七年（1874年）2月16日，以江藤新平和岛义勇为首的“佐贺之乱”爆发。
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　　2月18日，岩村高俊所率领的镇台兵战死近半，佐贺城被攻下，岩村高俊勉强逃得性命。早有准备的大久保利通带着15艘军舰，大量的新式武器，已然来到了博多湾。大久保利通在当地招兵买马，很快召集了15，000名士兵，浩浩荡荡开往佐贺城。
　　随后的朝日山、田手川两场激战，江藤新平一方损失了不少同志。江藤新平决定不做无谓牺牲，他将“征韩党”就地解散，等待机会再起。而岛义勇决定率领“忧国党”坚持彻底抗战。江藤新平与岛义勇诀别之后，奔赴鹿儿岛，求助于同日下野的西乡隆盛。被西乡隆盛拒绝之后，他赶往高知，却又被板垣退助拒绝。无奈之下，他继续前往德岛求助，不幸在甲之浦被警察抓捕。

　　江藤新平似乎并不在意自己的性命。他在甲之浦被警察包围时，仍然在案前奋笔疾书，陈述佐贺起兵的因由。警察搜索他的衣袋，发现其中有写给三条实美、岩仓具视、木户孝允和大久保利通等人的书信，墨迹未干、笔致错乱，正是他在匆忙之中所书。
　　本想阻止骚乱的江藤新平成了“佐贺之乱”的贼首。但是，江藤新平的心中并无畏惧。虽然被自己亲手创立的近代警察系统所抓获，但这位深深信仰司法正义的前司法官员坚信自己会得到公正的审判。
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　　但是，这位重整司法系统、编制律令的前官员甚至没有得到在东京正式审判的机会——他被押送到佐贺，陈述和上诉的权利全被剥夺，2天之内便被判了死刑。地方裁判所本无权定死罪，更何况，等待江藤新平的并不仅仅是死刑，而是本已废除的枭首示众。这对于致力于近代司法制度的江藤新平来说，是比死还难以忍受的极端羞辱。
　　本该伸张正义的裁判所，却下了违法荒谬的审判决定。一时间，世间舆论哗然，知识人福泽谕吉直言此为对江藤新平的卑鄙报复。诚哉此言。在“佐贺之乱”的全过程，无处不见大久保利通的阴影。

　　在江藤新平被捕之时，大久保利通不胜欣喜地在日记中写到：“雀跃之情不可抑。”他还邀请东伏见宫嘉彰亲王亲临审判现场，借皇室的权威加持，显示该审判合理合法。在精心策划之下，江藤新平被处极刑，他在日记里写到：“聆听江东（此处为故意曲笔）、岛等人的审判结果。见江东之丑态，笑意难止。今日终得安心。”江藤新平死后，大久保利通仍不满足。他不仅将江藤新平枭首示众的照片挂在办公室中，还将照片大量复制，分发到都道府县的官厅、警察机构，要求必须张贴。大久保利通此举是用意深远的杀一儆百？还只是胜利者的浅薄炫耀？大久保利通的真实用意我们不得而知，唯感此举残酷非常，所谓“食肉寝皮”也不过如此。

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　　明治七年（1874年)4月13日，被押至刑场的江藤新平在行刑前仰头朝天，看着朗朗晴空，连呼三次“知我心者，后土皇天！”之后瞑目就死。
　　好在历史是民众写成，是非成败，公道自在人心。直到今天，在佐贺人的心中，惨遭屠戮的江藤新平从来也不是逆贼，而是佐贺的英雄。
　　江藤新平享年40岁。