苏定方在坝水一举击溃高句丽军，战事进行的相当顺利，很快就包围了平壤城。另一员大将契苾何力在鸭绿水（今鸭绿江）大败泉盖苏文之子泉男生，斩杀敌军3万人，泉男生仅以身免，侥幸捡回了一条命。但是平壤城却异常坚固，唐军久攻不下，加上东北的冬季来得又特别早，还下起了大雪，如果再继续僵持下去，唐高宗很可能会面临以往隋炀帝和唐太宗东征的失败境遇，而且现在南部百济残余势力又死灰复燃，为避免军事上无谓的损失，公元662年（龙朔二年）二月，高宗立刻宣布休兵，班师回朝，消灭高句丽的计划又一次被搁置了起来。唐高宗的注意力再次转移到了半岛南端。

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　　由于苏定方治军不正，导致百济旧地从660年至661年局势一直都很动荡，唐高宗即刻将苏定方调至青海对付吐蕃人去了，由王文度任熊津都督，从660年九月苏定方卸任回到东都洛阳后，就只剩下刘仁愿带领的一万唐军孤悬海外，驻守在泗沘城，新罗方面则由王子金仁泰等率领七千新罗兵马配合镇守。苏定方走后，百济反动势力就乘机反扑，黑齿常之、鬼室福信和道琛等叛军迅速包围了泗沘城，刘仁愿的处境是相当困难。

　　660年（显庆五年），王文度风尘仆仆地赶到朝鲜半岛，准备接手苏定方留下的烂摊子。可当时的百济已是狼烟四起，到处都是复国叛军，泗沘城已被鬼室福信，黑齿常之等人包围，王文度根本无法进入城内，而且随行的部分人马也被鬼室福信俘虏，无奈之际，王文度只得改道前往新罗传达高宗圣旨，但是现在兵荒马乱的，这一路真是充满艰险，不仅要面临叛军的刀剑，还得克服断粮缺水的问题，直到九月二十八日，狼狈不堪的王文度一行人等才赶到新罗的三年山城，见到了新罗武烈王金春秋和太子金法敏。

　　王文度在新罗的招待下终于得以好好休息一下了，酒足饭饱后，便取出李治的圣旨，朝东而立，金春秋和金法敏朝西而立，准备接旨，但就在王文度宣读完圣旨准备递交给金春秋之时，戏剧性的一幕发生了，王文度当场倒地身亡，《三国史记》记作“忽疾作便死”
　　所以剩下的程序由他的部下草草完成。王文度的猝死，是在场的所有人始料未及的，死因究竟是什么无人可知，但笔者认为王文度的暴毙显然跟路途上辛苦奔波和遭受的身心上的折磨有着密切联系。公元661年(唐龙朔元年)，叛军的气焰愈加嚣张，僧人道琛和鬼室福信进一步占据了周留城(今忠清南道境内)并与黑齿常之的军队会合，同年年初，刘仁愿不愿再坐以待毙了，出动了1000唐军进攻黑齿常之，结果被全歼，黑齿常之乘胜于二月再次进攻泗沘城，叛军在泗沘城南岭竖起四五道大栅，试图将泗沘城里的唐罗守军困死，无奈之下刘仁愿向新罗求援。

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　　唐高宗得知此事后，立即由老臣刘仁轨来接替王文度的职位，援助泗沘城中的刘仁愿。这刘仁轨和刘仁愿名字只有一字之差但可不是两兄弟，两人的出生和年龄都有着很大的差异，此时的刘仁轨已经是年逾六旬的老人了，他是汴州尉氏人，自幼家境贫寒，但他聪敏好学，文武双全而且为人刚正不阿，不畏权贵，可能因为性格的原因，刘仁轨在政坛上长期处于默默无闻的状态。直到唐太宗之时，作为地方的治安首长，刘仁轨就因不畏强权深获太宗赏识，才由地方官升任朝官。高宗年间又因秉公耿直得罪了权臣李义府。

　　公元660年 (唐显庆五年)，高宗东征高句丽之时李义府统水军，刘仁轨监督海运，负责后勤补给。由于年尾是不宜出海的时节，却被上司李义府恶意催发，结果遭遇海上风浪，船只大多葬身鱼腹。唐高宗大为恼怒，李义府乘机在高宗面前落井下石，将船只倾覆的责任全部推到仁轨的身上。幸亏高宗皇帝是个头脑清醒的人，不愿滥杀无辜，加之又有大臣从中规劝，最终只将刘仁轨免职，命其以白衣戴罪之身随军出征。恐怕连刘仁轨也没有意识到，此番出征朝鲜将成为他命运的转折点，刘老头子即将时来运转了。

　　唐高宗李治同时诏令新罗出兵，新罗王金春秋立即命金品日、金文忠、金义服、金文品、金义光率领五军与刘仁轨协同作战，但新罗方面并没有直接与刘仁轨的唐军合击泗沘城。泗沘之围完全是由刘仁轨单独完成的，新罗军则是采取围魏救赵的策略直捣百济叛军老巢周留城。
　　百济叛军得知情况后，兵分三路行动：道琛在熊津江口设置了两个军栅，抵抗刘仁轨；黑齿常之继续围困泗沘城，监视并伺机攻打刘仁愿；鬼室福信率机动兵力部署在泗沘城与周留城之间，防备新罗军。
　　刘仁轨此番是首次带兵打仗，但他治军有方，纪律严明，加上他通晓兵法，所以他率领的唐军很快就显示出了战斗力。661年三月，刘仁轨在熊津江口登陆，增援的唐军攻势凌厉，道琛所部迅速败下阵来，百济军的撤退变成了大逃亡，士兵相互踩踏，阵亡和坠河溺死者大上万余人。这是刘老头子进入朝鲜半岛以来打得第一场漂亮的翻身仗，也充分展现了他不俗的军事才华。
　　在周留方面，三月五日，新罗军金品日等部到达豆良尹城南，福信所部见新罗军阵容不整，突然出击，击败新罗军，新罗军惊慌败退。三月十二日，新罗军转攻古沙比城。

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　　由于熊津江口惨败，而古沙比城下又未决胜负，因此，道琛与福信决定解除对泗沘城的包围，道琛所部撤往任存城。道琛撤围之后，黑齿常之顿感孤立，因此也放弃了对泗沘的包围，撤回任存山大栅。至此，泗沘之围才得以解除。刘仁轨与刘仁愿会师，但会师之后，唐军兵力仍然不多，只好在泗沘城休整，等待新罗援军的到来。
　　然而在古沙比城方面，新罗军进展很不顺利，对古沙比城攻打了1个月零六天，也未能将其攻破，此时新罗军军粮用尽，只得于四月十九日撤军，鬼室福信的部队趁机突袭，该支新罗军在走到宾骨壤时，与百济军遭遇，新罗军战败，虽然伤亡不大，但损失了大量的兵械辎重。另一支新罗军则在角山与百济军遭遇，这支新罗军击败了百济军，攻克百济屯堡，斩首二千级。
　　新罗王金春秋得知兵败消息之后大惊，派出将军金纯、真钦 、天存、竹旨、济师前去救援。但是这支新罗援军并没有与百济军交战。
　　新罗军撤走之后，泗沘之围算是彻底解决了，但是，泗沘城与新罗的粮道却被切断了。

　　二刘会面之后，两人是一见如故，颇有相见恨晚之感，刘仁愿非常钦佩这位老人的才识和胆略，当然唐军中也不乏一些小人从中作梗破坏两人的关系，当时在刘仁轨的随行人员中，就有他的政敌李义府的心腹，不断在中间挑拨，甚至劝刘仁愿不要分战功与他人，要寻找机会排挤刘仁轨。
　　然而刘仁愿是什么反应呢？是不为所动，反而对刘仁轨信任有加，甚至将军事指挥大权交与仁轨，足见两人的关系有多和谐。两位将领能相互信任，精诚合作非常有利于唐军内部的团结，甚至可以说对以后半岛战争的胜利有着不可忽视的影响。